Операція радянських військ з вигнання нацистських окупантів з території Кримського півострова почалася 8 квітня 1944 року і завершилася в ніч на 13 травня. Ще до завершення боїв, 22 квітня в доповідній записці на ім’я Лаврентія Берії кримські татари були звинувачені в масовому дезертирстві з лав Червоної армії. 10 травня Берія в листі Сталіну повторив попередній закид, додавши до нього «зрадницькі дії кримських татар проти радянського народу» та «небажаність подальшого проживання кримських татар на прикордонній околиці Радянського Союзу». Також в листі була сформульована пропозиція виселити все кримськотатарське населення до Узбекистану.

11 травня 1944 року було прийнято цілком таємну Постанову Державного комітету оборони № 5859сс «Про кримських татар». В ній наводилися попередні претензії до кримськотатарського населення – начебто масове зрадництво та масовий колабораціонізм, – які стали обґрунтуванням для депортації. Насправді жодних доказів «масового дезертирства» кримських татар не існує, бо абсолютна більшість колабораціоністів загинула в боях чи була засуджена в індивідуальному порядку.

Операція з депортації кримськотатарського населення розпочалася о 3 годині ранку 18 травня 1944 року і завершилася 20 травня. Для втілення примусового виселення кримських татар було залучено 32 тис. співробітників НКВД. Депортованим давалося на збори від кількох хвилин до півгодини. Формально дозволялося брати з собою особисті речі, посуд, побутовий інвентар та провізію в розрахунку до 500 кг на родину. В реальності ж депортованим вдавалося прихопити з собою в середньому 20-30 кг речей та продуктів. Абсолютна більшість майна залишалася і була конфіскована державою або потрапила до рук мародерів. Впродовж 2 днів кримських татар звозили машинами до залізничних станцій Бахчисарая, Джанкоя та Сімферополя, звідки ешелонами відправляли на схід.

Під час головної хвилі депортації (18-20 травня) виселили 180 014 осіб, для перевезення яких використали 67 ешелонів. Крім того, 6 тис. мобілізованих військкоматами протягом квітня-травня кримськотатарських юнаків окремо відправили на наряди Головного управління формування резервів до Гурьєва (Атирау, Казахстан), Куйбишева та Рибінська, а ще 5 тис. кримських татар заслали на роботи до таборів тресту «Московуголь». Разом за перші два дні з Криму було депортовано 191 044 осіб. Окремо під час депортації було заарештовано 5989 осіб, звинувачених у співпраці з німцями, та іншого «антирадянського елементу». Вони потрапили до ГУЛАГу і в подальшому не враховувалися в загальних зведеннях про вигнанців.

У ході червневих депортацій болгар, вірмен, греків та «іноземних підданих» додатково було виселено 3141 кримського татарина, яким пощастило врятуватися в травні. Таким чином, загальна чисельність вигнаного з Криму корінного народу склала: 183 тис. осіб на загальне спецпоселення + 6 тис. у табори управління резервів + 6 тис. до ГУЛАГу + 5 тис. спецконтингенту для Московського вугільного тресту = 200 тисяч осіб. Серед дорослих спецпоселенців було також 2882 росіян, українців, циган, караїмів та представників інших національностей, яких було виселено через змішані шлюби.

Останній ешелон з депортованими прибув до Узбекистану 8 червня, певна частина кримських татар в дорозі загинула. Кількість таких за офіційними джерелами – 191 людина – викликає сумніви. Втім, навіть радянська статистика дозволяє простежити зменшення кількості вигнаного населення.

Відразу після перемоги над нацизмом розпочалася тотальна демобілізація кримських татар з лав Радянської армії. Протягом 1945-1946 рр. в трудові табори Сибіру та Уралу було направлено 8995 військовослужбовців, яким лише 1953 року дозволили возз’єднатися із родинами на засланні. Така сама доля спіткала і відзначених воїнів – навіть двічі Герою Радянського Союзу Амет-Хану Султану не дозволили повернутися до Криму. В усіх спецпоселенців-військових вилучалися військові квитки, їм заборонялося носити зброю. При цьому старші офіцери залишалися на службі, тоді як старші офіцери-політпрацівники та співробітники карних органів відправлялися на спецпоселення.

Постановою радянського уряду від 8 січня 1945 р. «Про правовий статус спецпоселенців» відзначалося, що спецпоселенці користуються усіма правами громадян СРСР, але при цьому вони не мали права самовільно залишати райони спецпоселення, визначені для них, голови родин повинні були щомісяця реєструватися у міліції, а всі зміни у сім’ях повинні були доповідатися міліції у триденний термін.

Депортація мала катастрофічні наслідки для кримських татар в місцях заслання. Протягом року до завершення війни від голоду, хвороб та виснаження загинуло понад 30 тис. кримських татар. Не меншої шкоди зазнало господарство Криму, позбавлене досвідчених працівників.

Звичайним явищем були втечі з місць заслання. Особливого масштабу це явище набуло 1948 р., коли втекло 8692 кримських спецпоселенця, з яких було затримано 6295 і притягнуто до відповідальності 2645 осіб. Уряд уже 21 лютого 1948 р. спеціальною постановою «Про заслання, висилку і спецпоселення» зобов’язало МВС встановити режим повного припинення втеч. 28 листопада 1948 р. Президія Верховної Ради СРСР своїм Указом «Про кримінальну відповідальність за втечу з місць обов’язкового і постійного поселення у віддалені райони Радянського Союзу в період Вітчизняної війни» встановлювала довічний термін виселення і призначала 20-річне покарання примусовими роботами за втечу та 5 років – за переховування.

Радянський уряд 5 липня 1954 р. зняв з обліку спецпоселенців, які не досягли 16 років, а також молодь, прийняту на навчання до навчальних закладів. 13 липня 1954 р. Президія Верховної Ради СРСР скасувала свій указ від 26 листопада 1948 р. про кримінальну відповідальність за втечу з місць заслання.

Відселені з Криму кримські татари були звільнені із спецпоселень на підставі указу Президії Верховної Ради СРСР від 28 квітня 1956 р. без права повернення в місця, звідки вони були вислані, та без повернення конфіскованого майна. Постанова Ради Міністрів УРСР від 15 грудня 1956 р. про розселення татар, німців, греків, болгар та вірмен, що раніше мешкали на території Кримської області і поверталися з місць поселення, визнавала неприпустимим їх повернення у Крим, а також вважала «недоцільним» розселення їх у Херсонській, Запорізькій, Миколаївській та Одеській областях.

Незважаючи на половинчастість ухвалених рішень, вони все-таки полегшили громадянське становище депортованих, позбавивши їх принизливих формальностей обліку. Це давало можливість і для переселення в інші місцевості СРСР, якою поодинокі депортовані змогли скористатися.

Політичні акції кримських татар (петиційна кампанія, створення політичних організацій, акції протесту, тощо) призвели до ще одного політичного успіху. 5 вересня 1967 р. Президія Верховної Ради СРСР видала Указ «Про громадян татарської національності, які проживали в Криму», який скасовував звинувачення у зраді кримських татар, але водночас проголошував нібито повне укоріненням кримських татар в Узбекистані. У січні ж 1974 р. Президія Верховної Ради СРСР скасувала заборону грекам, вірменам, болгарам та кримським татарам повертатися в Крим на колишні місця їхнього проживання.

У період після Указу 1967 р. державні органи СРСР та УРСР вдалися до іншої тактики протидії поверненню депортованих народів у Крим. Основним знаряддям її став контроль за поверненням у Крим колишніх депортованих осіб за допомогою інституту прописки (реєстрації). Особам, які намагалися повернутися на законних підставах, органи внутрішніх справ утруднювали або й унеможливлювали придбання житла. Також вони ускладнювали процес прописки або відмовляли в ній. За перебування в Криму без прописки їх у судовому порядку, а то й силоміць видворяли з півострова. Будь-які прояви протесту, спровоковані цими діями, неухильно гасилися судовими органами.

Водночас, починаючи з 1968 р., влада пішла на організацію репатріації через так звані оргнабори. 1969 р. цим шляхом до Криму повернулося 104 сім’ї, 1970 – 45 сімей, 1971 – 65 сімей. При цьому, через доскіпливі перевірки кандидатів на переселення, не виконувався навіть мізерний план.

Кримські татари переселялися і самостійно. Наприкінці кінці 60 – поч. 70-х рр. до Криму прибуло 195 сімей (3496 осіб). Крім того, депортовані селилися й у інших областях Української РСР, зокрема Херсонській області – 1541 чол., Запорізькій – 1063, Донецькій – 633, Одеській – 61. На 1 травня 1973 р. в республіці проживало 6874 представника кримських татар.

14 листопада 1989 р. Верховна Рада СРСР  прийняла Декларацію «Про визнання незаконними і злочинними репресивних актів проти народів, підданих примусовому переселенню, і забезпечення їх прав», а 7 березня 1991 року – Постанову «Про скасування законодавчих актів у зв’язку з Декларацією Верховної Ради СРСР від 14 листопада 1989 року «Про визнання незаконними та злочинними репресивних актів проти народів, які зазнали примусового переселення, та забезпечення їхніх прав». Відтак, відновлення за рахунок держави майнового та іншого стану репатріантів, до того, яким він був до моменту депортації, набуло необхідної легітимності.

Україна ніколи не відмовлялася від визнання актів органів колишнього СРСР щодо відновлення прав депортованих, а з часу проголошення незалежності взяла на себе повну відповідальність за долю всіх своїх громадян, включно з тими, що повертаються на її територію з місць депортації.